SMP
Jenjang pendidikan SMP di pondok pesantren modern muhammadiyah Daarul Khoir ditempuh selama 3 tahun yang memadukan kurikulum dinas pendidikan dan kurikulum pesantren.
Takhasus
Jenjang pendidikan Takhasus di pondok pesantren modern muhammadiyah Daarul Khoir ditempuh selama 1 tahun. Jenjang ini diperuntukkan bagi santri baru yang ingin melanjutkan pendidikan jenjang SMA di pondok pesantren Daarul Khoir namun belum pernah mengenyam pendidikan pesantren sebelumnya.
SMA
Jenjang pendidikan SMA di pondok pesantren modern muhammadiyah Daarul Khoir ditempuh selama 3 tahun yang memadukan kurikulum dinas pendidikan dan kurikulum pesantren.